Cốt truyện của tiểu thuyết kể về âm mưu của Giáo hội Công giáo nhằm che dấu sự thật về Chúa Giê-su. Truyện ám chỉ rằng Tòa thánh Vatican biết rõ âm mưu này từ hai ngàn năm qua, nhưng vẫn giấu kín để giữ vững quyền lực của mình.

Sau khi vừa xuất bản, cuốn tiểu thuyết đã khơi dậy mạnh mẽ sự tò mò khắp thế giới đi tìm hiểu sự thật về Sự tích Chén Thánh, và vai trò của Mary Magdalene trong lịch sử Giáo hội Công giáo.

Mật mã Da Vinci nhận được nhiều phê bình sâu sắc. Những người ủng hộ cho rằng quyển tiểu thuyết rất sáng tạo, đầy kịch tính và làm cho người xem phải suy nghĩ. Người chỉ trích thì cho rằng quyển sách không chính xác và viết rất kém, những chỉ trích còn lên án các ẩn ý xấu của Dan Brown về Giáo hội Công giáo.

Truyện bắt đầu bằng những nỗ lực của giáo sư môn "Biểu tượng Tôn giáo" (Religious Symbology) Robert Langdon tại Đại học Harvard cùng Sophie Neuveu - cháu gái của Jacques Saunière nhằm làm sáng tỏ cái chết bí mật của người quản lý nổi tiếng Jacques Saunière của Bảo tàng Louvre tại Paris. Thi thể của Saunière được tìm thấy sâu trong Bảo tàng Louvre trong tư thế tương tự như bức tranh nổi tiếng Người Vitruvius (Vitruvian Man) của Leonardo Da Vinci, với một thông điệp bí ẩn viết cạnh, và một hình sao năm cánh (ngũ giác) vẽ trên bụng bằng máu. Như tên của tiểu thuyết hàm chỉ, các thông điệp đầy ẩn ý từ các tác phẩm của Leonardo như Mona Lisa và Tiệc Ly (Bữa tối Cuối cùng) (The Last Supper) xuất hiện xuyên suốt tác phẩm dẫn dắt các manh mối làm sáng tỏ vụ án đầy bí mật này.