Ở những năm cuối đời, quyền lực của vua Lý Cao Tông thực chất chỉ còn giới hạn lại trong phạm vi kinh thành Thăng Long mà thôi. Nhưng, ngay cả trong khu vực kinh thành bé nhỏ này, quyền lực của Lý Cao Tông không phải lúc nào cũng được khẳng định. Cuộc náo loạn kinh thành năm Kỉ Tị (1209) có thể coi là một ví dụ tiêu biểu.

Bấy giờ, quan lại triều Lý chia bè kết cánh, vua chỉ biết ngả theo phe cánh nào mạnh mà thôi. Phe do thượng phẩm phụng ngự Phạm Du cầm đầu và phe do thượng phẩm phụng ngự Phạm Bỉnh Di cầm đầu là hai phe không thể đội trời chung với nhai. Hai phe luôn tìm cơ hội để thủ tiêu lẫn nhau, và cơ hội đó đã đến vào năm Kỉ Tị (1209), khi cả Phạm Du và Phạm Bỉnh Di đang đi dẹp loạn đều được vua Lý Cao Tông triệu về. Phạm Du về trước chút ít. Sách Đại Việt sử lược (quyển 3, tờ 19 - a) chép rằng:

“Mùa thu, tháng 7, Bỉnh Di về đến kinh sư, toan vào triều để phụng mệnh thì có người ngăn lại nói rằng:

- Vua đã nghe lời Du trước, giận ông chưa nguôi đâu.

Bỉnh Di nói:

- Ta thờ vua hết lòng mà lại bị người ta nói gièm sao? Huống chi ta có mệnh vua triệu về, trốn đi đâu được?

Nói rồi bèn đi vào. Vua sai bắt Bỉnh Di và con là Phụ (có lẽ là con nuôi, vì Phạm Bỉnh Di là hoạn quan - ND) giam ở Thủy Viện và toan làm tội. Tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc nghe được tin đó, liền đem binh lính hò reo mà vào triều. Đến cửa Đại Thành, bị người coi cửa ngán lại, bọn Bốc phạt ngang cánh cửa mà vào. Vua thấy việc gấp, vội vời ngay Bỉnh Di vào Lương Thạch Sứ ở thềm Kim Tinh. Một lát sau, Du cùng em là bọn Kính đều từ nhà ngự đường đi ra, lấy ngự thương giết Bỉnh Di và con là Phụ. Bọn Bốc nghe tin Bỉnh Di đã chết, bèn sai quân sĩ đột nhập vào Lương Thạch Sứ, lấy cân xa của vua ngự mà rước thây Bỉnh Di, lấy chiếu ngự bọc thây của Phụ, theo cửa Việt Thành mà ra bến Triều Đông rồi lại vào cung Vạn Diên để rước Vương Tử Thầm và vương Tử sảm về Hải Ấp”.