au vụ tư thông với công chúa Huyền Trân (10 - 1307), uy danh của quan hành khiển Trần Khắc Chung suy giảm rõ rệt. Các quan trong triều thường kiếm cớ để đàn hặc ông, kể cả khi xem ra ông chẳng có lỗi gì đáng kể. Sách Đại Việt sử kí toàn thư (bản kỉ, quyển 6) có chép lại hai chuyện Trần Khắc Chung bị đàn hặc và bị phạt. Chuyện thứ nhất (chép ở tờ 33a) xảy ra vào tháng 6 năm 1315, dưới đời Trần Minh Tông (1314 - 1329).

“Lúc ấy Trần Khắc Chung làm chức hành khiển. Quan Ngự sử dâng sớ nói rằng, chức vụ của tể tướng, trước hết phải lo điều hòa âm dương. Nay Khắc Chung ở ngôi tể tướng, không biết phối hợp trời đất cho khí tiết điều hòa, để đến nỗi mưa nắng trái trời, thế là làm quan không được công trạng gì cả. Khắc Chung cãi, tôi lạm giữ chức tể tướng, chỉ biết cố sức làm những việc mà chức vụ phải làm, còn như hạn hán thì hỏi ở Long Vương, Khắc Chung đâu phải là Long Vương mà đổ tội được. Sau, nước sông lên cao, vua đích thân đi xem xét việc đắp đê. Quan Ngự sử lại tâu, bệ hạ nên chăm sửa đức chính chớ xem làm gì việc đắp đê nhỏ nhặt ấy. Nghe thế, Khắc Chung nói, khi dân bị nạn lụt, người làm vua phải cứu giúp tai họa khẩn cấp đó, sửa đức chính không gì lớn hơn là việc này, cần gì phải ngồi thinh, tư lự rồi bảo là sửa đức chính.”

Chuyện thứ hai (chép ở tờ 45 a-b), xảy ra vào mùa hè năm 1327, cũng dưới thời vua Trần Minh Tông. Chuyện kể rằng:

“Mùa hạ, tháng 5, sét đánh lăng tẩm, quần thần bàn việc ấy. Vua xuống chiếu phạt bọn Thiếu bảo Trần Khắc Chung và Hành khiển Đoàn Nhữ Hài, nặng nhẹ khác nhau. Sau hôm sét đánh, các quan họp bàn ở Nội Nhân Văn Cục. Các vương hầu cùng giải lao với Trần Khắc Chung và Đoàn Nhữ Hài. Khắc Chung nói chuyện với giọng hài hước, Nhữ Hài vội đứng dậy bỏ đi. Khắc Chung nói xong, mọi người đều cười, bị quan ngự sử hặc tội, vua liền xuống chiếu phạt Khắc Chung và Nhữ Hài. Nhữ Hài cãi, lúc cười đùa thì thần đã đi rồi. Vua nói, Nhữ Hài nghe biết là đùa cợt mà không ngăn, lại bỏ mà đi, thế là cốt ý hãm thầy vào tội lỗi mà tính kế né tránh cho mình. Rất cuộc vẫn phạt cả Nhữ Hài.”

Lời bàn: Cười khi nghỉ giải lao có lẽ chưa phải là lỗi, cái lỗi là ở chỗ người từng phạm lỗi như Trần Khắc Chung sao còn dám cười. Quan ngự sử vạch lá tìm sâu, lẽ ấy cũng dễ hiểu. Vua phạt Trần Khắc Chung, lại phạt luôn Đoàn Nhữ Hài, ấy là nhà vua muốn nhân một chuyện cụ thể để dạy các quan không được vu hãm lẫn nhau đó thôi.