Ngay khi sự kháng cự của Nhật tại Guadalcanal sụp đổ, Mac Arthur cũng đã gửi đi bản tin về chiến thắng đầu tiên của ông: sau sáu tháng nỗ lực ông đã đuổi được quân Nhật ra khỏi hai cứ điểm tiền phương Gona và Buna nằm về phía cực nam của Tân-Guinée. Chiến công này rất xứng đáng bởi vì về phía đất liền, quân Nhật được che chở bởi một vùng rừng rậm cũng đáng sợ như tại Guadalcanal, và các Sư đoàn Mỹ-Úc, vì không thể trông cậy vào sự yểm trợ nào của Hải quân chỉ có thể tiến quân nhờ các đợt thả quân dù tăng viện.

Hãnh diện với thành quả này, Mac Arthur trơ lại làm áp lực để đòi hỏi mở màn giai đoạn thứ hai của cuộc tấn công vào Rabaul mà ông sẽ đảm trách nhiệm vụ chỉ huy tối cao. Nimitz liền nại cớ rằng vì hạm đội Thái Bình Dương của ông chỉ trong vòng ba tháng mà đã mất ba mẫu hạm, bảy tuần dương hạm và mười bốn khu trục hạm, nên không thể nào cùng một lúc đảm bảo sự yểm trợ bằng hải quân và không quân cho cả Tân-Guinée lẫn quần đảo Salomon.

Ủy ban tham mưu hỗn hợp đồng minh hậu thuẫn ý kiến này và quyết định giới hạn hoạt động của hai chiến trường vào các cuộc hành quân thuần túy bằng không quân cho đến khi hạm đội của Halsey được tăng cường bởi các mẫu hạm đang được đóng, nghĩa là cho đến mùa thu.

Bên kia phòng tuyến, nay được cụ thể hóa bằng quần đảo Bismarck (người Mỹ gọi là "Bismarck barrier"), Yamamoto cũng tu chỉnh lại các kế hoạch. Mục tiêu của ông thì luôn luôn vẫn như cũ: tiêu diệt hạm đội Mỹ trước khi nó kịp được thành lập lại. Không biết rằng ông bị lọt vào mưu chước của bộ máy Magic, ông gán cho thất bại tại Midway nguyên nhân vì ở quá xa các căn cứ khiến ông không thể nào che chở hạm đội bằng không lực lúc nguy hiểm xảy đến. Nhưng giờ đây, ông đã đóng vững chắc sau Bismarck Barrier, nếu như được vài mẫu hạm hiếm hoi của Mỹ còn chạy được về phía tổ ong vò vẽ Rabaul, thì ông có thể tham chiến trong những điều kiện tốt đẹp nhất. Hai mẫu hạm mới - chiếc Juyno và chiếc Hiyo - vừa đem ra sử dụng trong lúc bên phía Mỹ chỉ còn lại chiếc Enterprise và chiếc mẫu hạm xưa cũ Saratoga. Cần phải lợi dụng cấp kỳ vì cơ may đặc biệt này rất có thể không bao giờ xuất hiện một lần nữa.

Kế hoạch của vị Đô đốc trứ danh liền được trình cho Tổng hành dinh Thiên hoàng và một lần được chấp thuận, Yamamoto liền rời khỏi chiếc thiết giáp hạm khổng lồ Musachi - sister ship của chiếc Yomoto - vừa mới được hạ thủy, để đặt Bộ Tư lệnh tại Rabaul.

Đây là lần đầu tiên trong lịch mà một vị Tư lệnh hạm đội Nhật lại rời bỏ soái hạm để đặt bản doanh trên đất liền ngay giữa chiến trận, nghĩa là kế bên không lực của hải quân. Dường như trong tâm trí ông, cử chỉ này có một giá trị tượng trưng và bằng sự hiện diện của mình ngay giữa các phi công, ông muốn nhấn mạnh rằng chiến thắng từ nay sẽ lệ thuộc vào các phi công ấy.

Vừa đến Rabaul, Yamamoto liền phân phối tất cả các không đoàn cơ hữu đến các căn cứ tại Salomon và tại Tân-Guinée kể cả phi đoàn trên các mẫu hạm tạm thời bị giải giới. Thật vậy, giai đoạn đầu của "kế hoạch A" gồm có việc làm cho đời sống tại căn cứ Mỹ khó chịu đựng nổi bằng các cuộc oanh tạc vĩ đại khiến cho hạm đội Mỹ phải đến can thiệp. Trước khi mở cuộc tấn công, vị Tổng tư lệnh tập họp các phi đoàn trưởng và thẳng thắn trình bày với họ tính cách trầm trọng của tình hình. "Chúng ta sẽ, ông nói, tung ra nhiều trận đánh gay go trên mặt biển và trên không trung. Kết quả của các trận đánh ấy và do đó kết cục của cuộc chiến, phần lớn lệ thuộc vào cung cách hành động mà các anh chứng tỏ trong các cuộc không chiến". Tất cả những người tham dự đều bị lời nói của ông ghi những ấn tượng sâu sắc. Giờ đây họ hiểu rằng một thất bại mới sẽ kéo theo những hậu quả như thế nào.

Cuộc tấn công đầu tiên được tung ra ngày 8 tháng 4 năm 1943. 70 oanh tạc cơ và hơn 100 khu trục cơ cất cánh từ Buin (Bongainville) hướng về Tulagi và Henderson Field. Ba ngày sau, đến lượt các phi trường mà Mac Arthu đã vô cùng cực nhọc cho xây dựng trên triền phía bắc dãy trường sơn tại Tân-Guinée bị tấn công. Rồi ngày 14 tháng 4 Milne Bay và Morserby được 43 oanh tạc cơ do 130 khu trục cơ hộ tống đến viếng thăm.

Trong giai đoạn đầu của "kế hoạch A" đó, Yamamoto thường đến viếng thăm các đơn vị không lực. Ông bước ra khỏi một oanh tạc cơ một cách bất chợt và tiến qua các vũng bùn lầy, với bộ quân phục kaki của không lực hải quân. Các phi hành đoàn tập họp trên phi trường, những người không bao giờ tưởng tượng ra ông trong hình dáng nào khác hơn là trong bộ quân phục trắng tinh tua tủa dây biểu chương, đã xúc động sâu xa khi thấy vị chỉ huy tối cao cũng chia sẻ những hiểm nguy giống như họ, chịu đựng cùng thời tiết xấu trong cùng bộ quân phục như họ. Tất cả những người ra đi chiến đấu đều cảm thấy ấm lòng.

Khi cuộc oanh kích sau cùng chấm dứt, Đô đốc nghiên cứu báo cáo của các đơn vị trưởng. Kết quả dường như rất thuận lợi: 1 tuần dương, 2 khu trục và 25 hải vận hạm bị đánh chìm, 150 phi cơ bị hạ. Không phải là không nghi ngờ các sự ước lượng ấy quá lạc quan, ông giao hoàn lại các phi công về với các mẫu hạm của họ rồi bắt đầu một vòng thanh sát mới khắp các căn cứ trong vùng chiến đấu. Ông nhìn tương lại với sự yên tâm. Ông có trong tay bốn mẫu hạm nặng, hai mẫu hạm nhẹ tương trưng một tổng số 400 phi cơ, 190 phi cơ thuộc không đoàn 2 đặt căn cứ tại Kavieng (tân-Irlande) vfa tại Bum (Bougainuille) và 300 phi cơ của lục quân được phân phối trên các phi trường khác. Hải đoàn mẫu hạm thứ nhất do Phó đô đốc Ozawa, người đã từng được tôn vinh tại Mã Lai, chỉ huy, hải đoàn thứ 2 do Phó đô đốc Kusaka, một trong các phi công danh tiếng nhất của không lực hải quân. Với các thiết giáp hạm Yamato và Musachi hậu vệ và chừng mười lăm tuần dương hạm cùng bốn mươi khu trục hạm, hạm đội liên hợp vượt hẳn hạm đội của Halsey đến mức độ chiến thắng trong một cuộc đụng độ ctoàn diện là điều không thể còn nghi ngờ gì nữa. Tất cả vấn đề bây giờ là làm sao khiêu khích nó.

Ngày 18 tháng 4 năm 1943, lúc 6 giờ sáng Đô đốc Yamamoto bước lên một oanh tạc cơ hai máy Mitsubishi với ba trong số các sĩ quan của ông. Đô đốc Ugaki, Tham mưu trưởng của ông, bước lên chiếc thứ hai cùng loại. Cuộc viếng thăm đầu tiên của ông sẽ dành cho tướng Hyakudaté, Tư lệnh Lộ quân 17, vừa rời khởi Rabaul để đến đặt bản doanh ở căn cứ tiền phương Buin tại Bougainville; nhưng ông đã dự liệu dừng chân trên hòn đảo nhro Ballale nơi đặt ban chỉ huy của hải đoàn mẫu hạm thứ hai. Các giới chức chỉ huy liên hệ đã báo trước bằng một công điện mã hóa ghi rõ giờ đến của các phi cơ.

Sau khi cất cánh từ Rabaul và được chín khu trục cơ hộ tống, các oanh tạc cơ bay vòng miệng núi lửa bao quanh vịnh và hướng thẳng đến Bougainville. Các điều kiện phi hành đều rất tôt đẹp và các đỉnh núi xanh có sương mù bao phủ trên chóp đã bắt đầu hiện rõ. Đến 7 giờ 15 phút, các oanh tạc cơ bắt đầu giảm cao độ để tiến gần đến bờ biển và bay trên rừng rậm ở cao độ 600 thước trong khi các khu trục cơ vẫn giữ cao độ cũ. Đúng 7 giờ 30, tức là còn cách Ballade 15 phút bay, một trong các khu trục cơ hộ tống vừa trông thấy một toán phi cơ P.38 bay trên đầu, nên muốn báo hiệu cho Đô đốc càng sớm càng hay. Hành động này được các phi công oanh tạc cơ giải thích như là một sự thông báo cần hạ thấp xuống hầu đê trống xạ trường cho các khu trục cơ, và cả hai chiếc oanh tạc cơ đều chúi xuống thấp về phía rừng già. Nỗ lực điều động máy bay của họ vô ích. Nhờ có tốc độ cực lớn khi đâm bổ xuống các phi cơ P.38 bỏ xa dần các khu trục cơ Nhật và lao vào các oanh tạc cơ xả súng bắn ác liệt. Chiếc phi cơ của Đô đốc là chiếc bị trúng đạn đầu tiên và rơi tan tành xuống rừng già sau khi bốc cháy. Chiếc oanh tạc cơ thứ hai lái vòng ra biển cũng bị rượt kịp và bị bắn rơi xuống biển. Các phi cơ tuần thám bờ biển hấp tấp bay đến phía chiếc oanh tạc cơ đã chìm mất một nửa và kéo ra được Đô đốc Ugaki vốn bị thương rất nặng. Nhờ chỉ dẫn của các khu trục cơ, xác chiếc phi cơ của Yamamoto được đánh dấu và một đoàn quân thám sát vạch được một lối đi cho đến đó. Hai phần ba phi cơ bị cháy ra tro, nhưng chiếc ghế của Đô đốc bị văng ra xa khi phi cơ chạm đất. Xác ông có vẻ gần như nguyên vẹn và ông còn nắm chặt đuôi kiếm trong tay. Bốn sĩ quan tùy tùng của ông chỉ còn lại các mảnh vụn không nhận diện được. Viên bác sĩ khám nghiệm xác Đô đốc khám phá thấy các vết đạn trong đó có một viên trúng và tạo ra cái chết tức thời.

Xác Yamamoto được đưa về Buin để hỏa thiêu tại đấy. Tro tàn của người anh hùng Trân Châu Cảng được để trong một bình đựng di hài đặt trên một nấm mộ nhỏ kế cạnh bộ chỉ huy.

Tin tức về tai họa này không thể nào giữ bí mật được lâu. Nó tạo ra một nỗi kinh hoàng vô bờ bến tại Nhật Bản. Dân chúng vốn bị giấu kín về cuộc thảm bại tại Midway, vốn luôn luôn coi Yamamoto như một vị Tư lệnh không thể nào bị thua trận. Chắc chắn là niềm tin ấy không có gì sai lầm cả bởi vì sự thất bại này đã lệ thuộc vào một sự tình cờ có thể nói là kỳ diệu của các điều do máy Magic khám phá.

Tại Hoa Kỳ, tin loan báo cái chết bị thảm của vị Tổng tư lệnh quân Nhật gây ra cả một cơn vui sướng bùng nổ thật sự. Rốt cuộc rồi Đáng toàn năng cũng đã trừng phạt kẻ có trách nhiệm về cuộc xâm lăng xảo trá tại Trân Châu Cảng! Đối với các lãnh tụ cao cấp của Hải quân, tin ấy không gây ngạc nhiên, vì một lần nữa bộ máy Magic lại đã hướng dẫn uy lực của công lý.

Chiều ngày 17 tháng 4, Bộ trưởng Hải quân Frank Knox, đã được sở kiểm báo trình một điện văn đã được mở khóa, nhờ máy Magic, mặc khải tất cả chi tiết liên hệ đến chuyến thanh tra của vị Tổng tư lệnh hạm đội liên hợp với giờ giấc hạ cánh và cất cánh. Sau khi tham khảo mau chóng với Đô đốc King, ông quyết định ra lệnh cho Halsey tổ chức một cuộc mai phục để loại trừ đối thủ nguy hiểm này. Buổi tối, một công điện tối mật được gửi đến cho đại úy Mitchell, không đoàn trưởng P.38 đặt căn cứ tại Henderson Field. Công điện ghi tất cả các tin tức về lộ trình và thành phần của đoàn phi cơ. Bình minh ngày 18, 16 chiếc P.38 cất cánh bay về phía Bougainville và đúng 7 giờ thì đến nơi. Phi đoàn bay vòng trên khu vực kế cận bờ biển bằng cách ẩn nấp trong mây ở cao độ rất lớn. Đúng 7 giờ 30, họ trông thấy các khu trục cơ hộ tống toàn phi cơ Nhật và mở cuộc tấn công. Chính đại úy Lanphier là người đuổi theo phi cơ của Yamamoto. Ông bắn một tràng dài vào động cơ bên phải từ phía sau và lập tức bay trốn khi thấy chiếc cánh phát hỏa và tách ra khỏi phi cơ. Lần này bộ máy Magic tuyệt hảo đã vĩnh viễn khóa chặt số phận của nạn nhân.

Hành động không có vẻ mã thượng tí nào. Cuộc phục kích tại Bogainville phảng phất khó chịu mùi vị của các cuộc thanh toán giữa bọn bất lương. Nhưng vết thương Trân Châu Cảng còn tươi rói và các nỗi khổ đau tại Guadalcanal cũng chưa dịu hẳn được. Vả chăng người ta có còn dừng lại mãi đó đâu! Nhiều trận đánh trên các đảo và chung quanh đảo đã trở nên vô cùng khốc liệt. Chẳng có một đồn trại nào và rất ít hoặc không có tù binh. Từ lâu chiến tranh tiềm thủy đỉnh đã là "không hạn chế" và từ lâu, các khu trục hạm Mỹ đã làm lơ khi chạy ngang qua các hàng lớp binh sĩ Nhật vùng vẫy trong mặt biển ngập đầy dầu máy. Quân Mỹ được khuyến khích bởi chính quân Nhật, vì họ không bao giờ dừng chiến hạm lại để cứu vớt đồng bào của họ. Chắc chắn là họ đã tuân phục một cách vô thức nguyên tắc dửng dưng với cái chết vốn rất thông thường tại Viễn Đông: bớt đi một tên lính Nhật là có thêm một hột gạo cho những người khác, phải không nào... Nhưng mặc dầu không thú nhận lộ liễu, Bộ Tư lệnh tối cao Nhật cũng không có gì là không bằng lòng khi thấy nguyên tắc ấy được áp dụng trong mọi trường hợp. Điều mà họ thiếu thốn không phải là người, mà là vật liệu chiến tranh. Mất thì giờ và đặt chiến hạm vào tình trạng nguy hiểm trong một vụ cấp cứu là hành động không đáng được nghĩ đến đối với một binh sĩ Nhật rồi. Người Mỹ cũng thường áp dụng nguyên tắc này, nhưng chỉ khi nào bị nhu cầu bắt buộc. Mỗi khi có thể, họ cứu vớt những thủy thủ bị đắm tàu. Ngoài tất cả các vấn đề tình cảm, họ đã ước tính rằng tinh thần binh sĩ sẽ có thể được giữ vững trong một khung cảnh có tình liên đới toàn diện. Hơn nữa, họ là những người đầu tiên hiểu được rằng mạng sống của một phi công đánh giá bằng cả một Tiểu đoàn bộ binh. Do đó nhiều khi họ đã không ngần ngại tổ chức cả một cuộc hành quân thu hồi thật sư với các thủy phi cơ và tiềm thủy đỉnh. Công cuộc tiếp cứu các phi hành đoàn bị hạ trong rừng rậm đã trở thành một trong các sứ mạng chính yếu của các Coast Watchers.

Yamamoto không sớm hiểu được sự tái lượng gia đột ngột ấy về mạng sống con người vốn đã từng kéo theo ưu thế của không lực mặc dầu ông là người đầu tiên tạo ra nó. Sự bỏ rơi các phi công ưu tú của các mẫu hạm mặc cho số phận hẩm hiu của họ, trong lúc mà một tổ chức kết hợp có thể cứu vớt hàng trăm người, đã là một trong các nguyên nhân đưa đến sự suy tàn của hạm đội liên hợp. Đúng lúc Yamamoto ngã gục dưới làn đạn của Lanphier, không phải ông ta đã thiếu chiến hạm và phi cơ, mà chính là thiếu các phi công ưu tú. Và ông đã chẳng làm gì để chặn đứng một cơn trích huyết mới.

Sự thờ ơ này lại càng đáng ngạc nhiên hơn khi mà các công binh xưởng của hải quân Nhật đang đổ ra các cố gắng lớn lao để hoàn thành các mẫu hạm Taiho, Unruyu và Chitose, và để biến thành một hàng không mẫu hạm không lổ, chiếc Shinano, thiết giáp hạm vĩ đại thứ ba đồng loại với chiếc Yamato, đang được đóng tại Yokosuka. Làm sao ông có thể hy vọng cấp cho chiến hạm ấy phi cơ và phi công, trong khi ông hy sinh họ bất kể tại các căn cứ đặt trên các đảo mà lại không có một nỗ lực song hành nào được thực hiện để thay thế họ?

Người ta không thể không nghĩ rằng, tay cao cờ bất trị ấy đã tung không lực của ông ra để hoặc là sạch nợ hoặc là ăn gấp đôi, vì biết rằng trong trường hợp thất bại, xứ sở ông vĩnh viễn bị bại trận.

Giá trị của giả thuyết này dường như đã được xác nhận bởi mối suy tư của vị Tư lệnh cuối cùng của hạm đội liên hợp, người được quân Mỹ thẩm vấn sau chiến tranh về kế hoạch của vị tiền nhiệm, đã chỉ trả lời:

- Yamamoto đã gặp may. Ông chết rất đúng lúc.