ưới thời Minh Mệnh và Thiệu Trị, nhà vua chỉ lấy Đạo Nho làm chính đạo, cho các tôn giáo ở ngoài đem vào là tà đạo, bắt dân gian phải bỏ tà theo chính; cho nên việc cấm đạo Gia-tô bẵng đi trong đời Tây Sơn và triều Gia Long, lại bắt đầu nghiệt ngào. Vả lại nhà vua nghi ngờ các giáo sĩ mượn tiếng đi giảng đạo để tìm cách do thám, nên không muốn cho người ngoại quốc vào truyền giáo trong nước; từ năm 1925 đến năm 1847, có nhiều giáo sĩ và đạo đồ bị án xử tử.

Đến năm 1848 Vua Tự Đức mới lên ngôi, đã có dụ cấm đạo. Trong Dụ nói rằng: ‘’Những người ngoại quốc vào giảng đạo thì phải tội chết, những người đạo trưởng ở trong nước mà không chịu bỏ đạo thì phải khắc chữ vào mặt, rồi phải đầy đi ở chỗ nước độc’’ (Việt Nam Sử Lược quyển hạ, trang 219).

Ông Nguyễn Trường Tộ vốn là con nhà đạo dòng, thấy Triều Đình nghiêm cấm một tôn giáo và dùng những cách tàn bạo, lấy làm khổ tâm lắm.

Trong nhiều bản điều trần, ông hết sức bày tỏ rằng dân giáo tuy theo một đạo của ngoại quốc đem vào, những vẫn là tôi con của Triều Đình, vẫn là phần tử của quốc gia, nếu nhà nước để cho họ được tự do theo tín ngưỡng của họ, thì họ vẫn giữ bền được lòng trung trực. Thảng hoặc có một vài người theo đạo mà xướng loạn, phản lại Triều Đình, thì lỗi tại người chứ không phải tại đạo mà xướng loạn, phản lại Triều Đình, thì lỗi tại người chứ không phải tại đạo. Xưa kia giặc Hoàng Cân theo Đạo Lão, loạn Ngũ Hồ theo Đạo Phật, nào Triều Đình Trung Quốc có vì bọn phiến loạn ấy mà cấm những đạo giáo đó đâu!...

Theo ý ông bất cứ tôn giáo nào cũng căn cứ theo điều trung hiếu cả, chỉ có nghi thức là khác nhau thôi, vậy hà tất phải ngăn cấm sự tín ngưỡng của người ta. Đối với sự khoan dung về tôn giáo, ông chẳng thực kém gì Michel de l'Hospital, người đã ra sức ngăn cản những cuộc đổ máu về tôn giáo ở Pháp trong Thế Kỷ thứ 16 và đã nói một câu bất hủ: ‘’Gươm giáo không thể nào chống lại với tư tưởng của người ta được!’’

Chính Tạo Vật cũng cho ta một cái gương khoan hồng vô cùng sáng láng, sao ta không biết noi theo? ‘’Đức Thượng Đế thống trị toàn cầu, cũng y như đấng nhân quân cai trị một nước. Trong vạn quốc, mỗi nơi có âm thoại riêng, thế mà Đức Thượng Đế chỉ lấy một lý ứng phó với cả muôn loài, khiến vật nào cũng được thuận theo thứ tự, thỏa theo nguyện vọng, mà không ép buộc phải giống nhau...Đức Thượng Đế chế trị cả đại địa, mà vẫn để tùy các dân tộc muốn lập ra các giáo môn gì cũng được, chứ không hề ép buộc bên này phải đi theo bên kia, chính là một cái thâm ý vậy’’.

Ông Nguyễn Trường Tộ tin rằng Tạo Vật rộng rãi, công bằng và sáng suốt vô cùng: ‘’Trước khi sinh ra loài người, Đấng Tạo Vật đã tạo ra đất đai, sinh ra vạn vật để làm nguồn lợi, cho chúng ta hưởng; ngài muốn giao quả đất cho cả loài người hưởng thụ để họ góp sức nhau lại mà làm cho cái công cuộc chúng mỗi ngày một tốt đẹp thêm’’ (Điều trần về Lục lợi, tháng 5 năm Tự Đức thứ 17-1864).

Nhưng có lẽ ông lại chịu ảnh hưởng cái giáo thuyết thần ân túc mệnh, nên tin rằng trong thiên hạ có dân tộc hữu phúc, có dân tộc vô phúc.

Những dân tộc hữu phúc thì một ngày một thịnh, một ngày một thêm đông, còn những dân tộc vô phúc thì như Chiêm Thành, Phù Nam cứ điều tàn dần dần rồi bị tiêu diệt. ‘’Nước Nam ta thuộc về nhân loại hữu phúc, bây giờ tuy là bị khốn khổ một lúc, nhưng sau này chắc sẽ mở mang bờ cõi thêm nữa, vì cả cái giang sơn ở hai bên sông Cửu Long Giang sẽ là nơi cư trú của dân tộc ta, nếu sau này ta có cơ hội!’’ (Tế cấp bát điều, điều thứ bảy).

Cho nên ‘’Đấng Tạo Hóa vẫn có lòng hiếu sinh lắm lắm, ngài đã ban cho địa lợi rất tốt, lại sinh cho ta những nhân vật rất hay, hẳn ngài cũng muốn cho ta được thịnh vượng để gây dựng nên một cái lạc quan trong vũ trụ. Vậy ta phải thể theo lòng Ngài khai hóa và đôn đốc để đổi việc họa ra việc phúc, đổi việc bại thành việc thịnh, đem hết cái tâm trí khéo léo của Tạo Vật đã phú cho ta để mở cái màn bí mật của trời đất’’.

Vả chăng chính Tạo Vật là một ông thầy hết sức giỏi giang, ta chỉ việc bắt chước theo ngài: ‘’Đời xưa người đời xem bông lau lăn tròn mà đặt ra bánh xe, xem hình cong của mặt trăng mà làm ra cái cung, xem hình tượng của mọi vật mà đặt ra chữ, nghe tiếng gió vi vu mà đặt ra âm nhạc, xem hình tinh tú mà chế các đồ dùng, ngắm địa thế cao thấp mà đắp thành trì’’ (Điều trần về việc học tập, 23 tháng 7 năm Tự Đức thứ 19-1866).

Xem thế ta có thể biết được rằng tuy ông Nguyễn Trường Tộ là một giáo đồ của Đạo Gia-tô, nhưng cái quan niệm của ông về tôn giáo thì rõ rệt theo Tự Nhiên Chủ Nghĩa. Cái gì trái với Tự Nhiên là ông ghét cay ghét đắng; cái gì hợp với Tự Nhiên là theo ý ông, hợp với lòng Trời.

Vậy cách cư xử trong đời muốn được hoàn toàn đầy đủ thì nên giản dị, chất phác, chứ không nên khắc khổ, phiền phức như ta thường thấy ở chung quanh chúng ta.