au khi Mạc Mậu Hợp bị bắt và bị giết, tôn thất nhà Mạc, có người thì theo về với Nam triều, có người thì chạy trốn sang tận đất Long Châu (Trung Quốc) và thỉnh thoảng lại đem quân về cướp bóc, có người mai danh ẩn tích để chờ thời.

Tháng 3 năm 1593, Mạc Ngọc Liễn bí mật lên vùng rừng núi Đông Bắc, dò tìm được Đôn Hậu Vương là Mạc Kính Cung (con của Mạc Kính Điển). Mạc Ngọc Liễn liền tôn Mạc Kính Cung lên ngôi vua, đặt niên hiệu là Càn Thống. Dư đảng họ Mạc nghe tin này liền kéo nhau theo về. Vùng Đông Bắc lại thêm một phen binh lửa. Tháng 2 năm 1594, Mạc Ngọc Liễn bị đánh thua, phải chạy sang Tư Minh (Trung Quốc), xin làm bề tôi của nhà Minh, còn Mạc Kính Cung thì chạy đến Long Châu (Trung Quốc). Nhờ được sự trợ giúp của các quan biên ải nhà Minh, Mạc Ngọc Liễn và Mạc Kính Cung thỉnh thoảng lại đem quân về cướp phá, quấy nhiễu.

Ngày 2 tháng 7 năm 1594, Mạc Ngọc Liễn bị bệnh mà mất, các con của Mạc Ngọc Liễn chạy sang với Mạc Kính Cung. Trước khi mất, Mạc Ngọc Liễn có để lại lời di chúc cho con cái và cho Mạc Kính Cung. Sách Đại Việt sử kí toàn thư (Bản kỉ tục biên, quyển 17, tờ 48 - b) chép về lời di chúc của Mạc Ngọc Liễn như sau:

"Khi Ngọc Liễn sắp lâm chung, có di chúc để lại, khuyên Mạc Kính Cung rằng: Nay, khí vận nhà Mạc đã cạn, họ Lê hưng phục, đó là bởi số trời đã định. Dân chúng vô tội mà mắc phải nạn binh đao, thật không nỡ! Bọn ta nên lánh ra nước ngoài, chứa uy và nuôi sức, chịu khuất để chờ thời, đợi khi nào mệnh trời tái hiện mới có thể hành động nổi. Lấy sức chọi sức là điều hoàn toàn không nên. Hai con hổ tranh nhau tất phải có một con bị thương, chẳng nên việc gì cả. Nay, nếu thấy quân họ tới thì nên tránh, chớ nên đánh nhau, cẩn thận giữ mình là hơn cả. Cuối cùng, chớ nên mời người Minh vào trong nước ta, khiến cho dân phải lầm than đau khổ. Đó là tội lớn, không có gì so được.”

Lời bàn: Lời trước lúc lâm chung, thường ở hai thái cực đối nghịch, hoặc rời rạc và ngớ ngẩn đến vô nghĩa, hoặc sâu sắc và thông thái đến độ bất ngờ. Di chúc của Mạc Ngọc Liễn đáng xếp vào loại thứ hai.

Mạc Ngọc Liễn quy hết nguyên nhân thất bại cho mệnh trời. Xin chớ trách ông vì thời ông là thời người ta thường nghĩ như vậy, ông có phải là ngoại lệ đâu, cổ nhân mà!

Phải đến lúc sắp tắt thở, Mạc Ngọc Liễn mới biết xót thương cho thân phận của dân đen, chút nhân từ đến với ông quá muộn màng, nhưng dẫu sao thì cũng đã đến, đó thực sự là phần an ủi cho chính ông, vì dưới đấng cao xanh, ông cũng là một con người!

Lời khuyên tạm lánh để chờ mệnh trời, tỏ rõ rằng đến chết, ông vẫn không quên mối thâm thù với Nam triều, nhưng, cho dẫu việc trả thù có khó khăn gian khổ đến bao nhiêu cũng không được dại dột đi cầu viện. Ắt hẳn là bình sinh, ông phải nếm bao cay đắng tủi nhục khi đi cầu cạnh người nên mới thấm thía mà thành thật nói lời trăn trối như vậy. Vâng, quả đúng là kẻ nào vì quyền lợi ích kỉ của cá nhân và dòng họ mà cam tâm rước giặc ngoại xâm về dày xéo đất nước, thì kẻ đó đã phạm tội lớn đến độ "không gì so được,” trời sẽ không dung và đất cũng chẳng tha.

Lời vàng ngọc rành rành trong sử sách, nhưng, những kẻ say sưa với cuộc tranh hùng, chỉ nhìn chăm chăm vào cổ đối phương để vung gươm lên chém, có ai ngó ngàng gì tới sử sách đâu.