ăm 1570, sau khi đánh đuổi được anh là Trịnh Cối để giành ngôi chúa, Trịnh Tùng liền tìm đủ mọi cách thâu tóm quyền bính về tay mình, đồng thời, thủ tiêu bất cứ ai có ý định chống đối. Bấy giờ, Lê Cập Đệ vừa là chỗ dựa tin cậy của Nhà vua, lại cũng vừa là kẻ không ưa gì Trịnh Tùng, bởi vậy, Trịnh Tùng cố sức gài bẫy để giết cho bằng được Lê Cập Đệ. Đang lúc Trịnh Tùng căm ghét Lê Cập Đệ như vậy, thì vào năm 1571, Nhà vua lại định công ban thưởng những người trực tiếp đánh nhau với quân Mạc, thăng cho Lê Cập Đệ lên đến hàm Thái phó, khiến cho Lê Cập Đệ càng thêm dương dương tự đắc, khinh nhờn cả với Trịnh Tùng. Sách Đại Việt sử kí toàn thư (Bản kỉ tục biên, quyển 16, tờ 35 - b) chép rằng:

"Tháng ba (năm Nhâm Thân, 1572 - ND), Lê Cập Đệ ngầm có chí khác, mưu giết Tả tướng (chỉ Trịnh Tùng vì lúc này Trịnh Tùng được phong làm Tả tướng - ND), vờ nỉ Tả tướng bơi thuyền ra giữa sông để giết, nhưng Tả tướng biết được nên mưu không thành. Từ đấy, hai bên thù oán nhau, ngoài thì vờ như hiệp lực để đánh giặc mà trong thì nghi kị, chỉ muốn ám hại nhau.”

Và cuộc ám hại nhau đã diễn ra vào ngày 21 tháng 11 năm 1572. Cũng sách trên (tờ 37 - a) chép tiếp:

"Lê Cập Đệ từng nuôi chí khác, mưa hại Tả tướng Trịnh Tùng, song, Tả tướng vờ như không biết, sai người đến biếu (Lê Cập Đệ) rất nhiều vàng. Lê Cập Đệ đến để tạ ơn, Trịnh Tùng liền sai đao phủ núp sẵn ở sau trướng, ra bắt và giết đi, xong lại sai người nói phao lên rằng, Vua sai Trịnh Tùng giết Lê Cập Đệ là kẻ làm phản, tướng sĩ không ai được hoang mang, ai bỏ chạy hoặc chống lại đều bị giết cả họ. Quân lính thảy đều khiếp sợ, không dám làm gì.”

Giết xong Lê Cập Đệ rồi, Trịnh Tùng liền tìm cách để bức bách Nhà vua. Tiếc thay, Lê Anh Tông đã ở thế cô, lại thêm non yếu về bản lĩnh chính trị, đến nỗi cuối cùng cũng gặp đại họa chẳng kém gì Lê Cập Đệ. Sách trên (tờ 37a - b) viết tiếp:

"Lúc ấy, bọn bề tôi là Cảnh Hấp và Đình Ngạn đến tâu vua rằng:

- Tả tướng cầm quân, quyền thế rất lớn, bệ hạ thật khó bề cùng tồn tại với ông ta được.

Nghe vậy, Nhà vua hoang mang, nghi hoặc, đang đêm mà bỏ chạy, mang theo bốn vị Hoàng tử cùng chạy vào thành Nghệ An và ở luôn tại đó. Tả tướng nói với các tướng rằng:

- Giờ đây, bởi nghe theo lời gièm pha của lũ tiểu nhân mà Nhà vua bỗng làm điều khinh suất, bỏ ngôi báu mà phiêu dạt ra ngoài. Thiên hạ không thể có một ngày không có vua. Nếu vậy, ta và quân sĩ lập công danh với ai đây? Chi bằng hãy tìm một vị Hoàng tử, tôn lên ngôi báu để yên lòng người, sau hãy đem quân đi đón Vua cũng không muộn.

Bấy giờ, Hoàng tử thứ năm, tên là Đàm đang ở xã Quảng Thi, huyện Thụy Nguyên (nay là huyện Thọ Xuân, tỉnh Thanh Hóa - ND) Trịnh Tùng cho người đón về, tôn làm vua, đó là vua Lê Thế Tông.”

Các bộ sử cũ cũng cho biết, đến ngày 22 tháng 1 năm Quý Dậu (1573), vua Lê Anh Tông bị chúa Trịnh Tùng giết, thọ 41 tuổi. Hoàng tử Lê Duy Đàm lên ngôi lúc mới sáu tuổi đầu, chính sự trong nước lớn nhỏ đều do Trịnh Tùng quyết đoán.

Lời bàn: Bấy giờ, đất đai Nam triều quản lí thì bé nhỏ, dân cư Nam triều cai trị chẳng có là bao, thế mà giặc ngoài đánh chưa xong, thù trong đã xuất hiện, trong ngoài trên dưới nhiễu nhương đến mức khó lường.

Lê Cập Đệ tuy được phong tới hàm Thái phó, vậy mà nhận thức vẫn nông cạn làm sao. Đến như anh ruột mà Trịnh Tùng còn không chút xót thương thì bảo Trịnh Tùng thương người dưng nước lã làm sao được. Dương dương tự đắc đã là dại, nhận vàng của kẻ mà mình biết thừa là đang lập mưu hại mình thì lại càng dại hơn, cuối cùng, tự dấn thân vào miệng cọp, sự dại này chẳng còn ngôn từ nào để diễn đạt được nữa. Cho nên, Lê Cập Đệ chết, Trịnh Tùng nhổ được một cái gai ở trước mắt, vua Lê Anh Tông kể như bị chặt một cánh tay, còn dương thế bớt được một sinh linh tham lam và khờ khạo.

Vua Lê Anh Tông bỏ chạy vào Nghệ An, tức là đã vô tình giúp Trịnh Tùng làm một việc không dễ làm vậy. Sự hậu hĩ này của Nhà vua đối với Nhà chúa, rốt cuộc chỉ để cho hậu thế chê cười mà thôi. Hoàng tử Lê Duy Đàm được đưa lên ngôi, điều ấy cũng có nghĩa là họ Trịnh chưa muốn dứt bỏ hẳn họ Lê. Nhưng, đông tây kim cổ vẫn cho hay, được làm và làm được là hai khái niệm hoàn toàn khác nhau. Làm vua như các vua Lê thời vua Lê - chúa Trịnh thì ai mà chẳng làm được. Làm vua mà chỉ biết gật đầu theo ý chúa, có lẽ chỉ cần tìm một kẻ ngái ngủ đặt lên ngai vàng cũng được. Tiện biết là bao. Sử chép, vua Lê Anh Tông bị Trịnh Tùng giết chết, nhưng thực ra nhà vua đã thực sự sống bao giờ đâu!