gày 6 tháng 12 năm Mậu Thìn (1388), nghĩa là bốn tháng sau khi nghe lời mật tấu đầy ác ý gièm pha của quan Đồng bình chương sự (Hồ Quý Ly - ND), cũng là thông gia của mình, thượng hoàng Trần Nghệ Tông quyết định phế bỏ vua Trần Phế Đế. Đây là một trong những cuộc phế lập rất thương tâm, được sách Đại Việt sử kí toàn thư (bản kỉ, quyển 8 tờ 11 a - b) chép lại như sau:

“Tháng 12, ngày mồng 6, sáng sớm, Thượng hoàng vờ ngự về An Sinh sai Điện hậu hộ vệ, rồi sai Chỉ huy hậu nội nhân gọi Vua tới bàn việc nước. Vua chưa kịp ăn, vội đi ngay, chỉ có hai người theo hầu mà thôi. Đến nơi, Thượng hoàng bảo Vua:

- Đại vương lại đây!

Nói rồi, lập tức cho người đem Vua ra giam ở chùa Tư Phúc, tuyên đọc nội chiếu rằng: "Trước đây, Duệ Tông đi tuần phương Nam không trở về, lấy con đích (của Duệ Tông) để nối ngôi, đó là đạo xưa. Nhưng, từ khi quan gia lên ngôi đến nay, lòng dạ trẻ con, giữ đức không thường, gần gũi bọn tiểu nhân, nghe lời Lê Á Phu, Lê Dữ Nghị gièm pha vu hãm công thần, làm lung lay xã tắc, nay phải giáng làm Linh Đức Đại vương. Song, quốc gia không thể không có chủ, ngôi báu không thể bỏ trống lâu, nên truyền đón Chiêu Định (tức Trần Ngung, con út của Nghệ Tông - ND) vào nối ngôi đại thống. Bá cáo trong ngoài để mọi người đều biết.”

Việc truất phế bất ngờ này đã gây nên một làn sóng phản kháng khá mạnh mẽ của quan quân và tướng sĩ. Cũng sách trên đã chép tiếp rằng:

“Nhiều tướng chỉ huy của các phủ quân cũ như tướng chỉ huy quân Thiết Liêm là Nguyễn Khoái, Nguyễn Vân Nhi, tướng chỉ huy quân (thiếu tên đơn vị - ND) là Nguyễn Kha, Lê Lặc, tướng chỉ huy quân Thiết Sang là Nguyễn Bát Sách... định đem quân vào cướp lấy Vua đem ra. Vua viết hai chữ giải giáp đưa cho các tướng và răn bảo họ không được làm trái ý Thượng hoàng nên các tướng mới thôi. Lát sau, Thượng hoàng (sai người) dìu Vua xuống phủ Thái Dương thắt cổ cho chết.”

Lời bàn: Muốn cướp ngôi, trước phải làm cho thời loạn thêm loạn. Muốn làm cho thời loạn thêm loạn, trước phải làm cho hoàng tộc sát hại nhau. Lúc ấy, trong cuộc hoàng tộc giết hại nhau, không gì kinh khủng bằng việc Thượng hoàng giết vua. Nhà đã dột từ nóc tất phải gỡ đi mà làm lại. Quý Ly mượn được cả tay Thượng hoàng để giết vua, gớm thay! Mới hay, người cầm quyền bính mà tai thích nghe lời xu nịnh gièm pha thì không có chuyện gì lại không thể xảy ra.

Nghệ Tông xuống chiếu kết tội Phế Đế nhưng hậu thế lại kết tội chinh Nghệ Tông. Sinh thời cậy quyền cậy thế để tác oai tác quái, có biết đâu khi đã chết, dẫu ngàn năm vẫn chưa hết lời hậu thế chê bai.

Còn như Phế Để lúc ấy, thế dã vậy thì đành phải vậy. Đáng để trách chăng là ở chỗ, nhà vua ở ngôi lúc tuổi trẻ dồi dào sức lực và trí tuệ, song lại không làm được điều gì cho xứng với ngôi vị của mình. Làm vua như vậy, dễ thay!