ể thanh toán Trạng-Quỳnh, Chúa họp các đại thần lại để mật nghị. Một vị quan tâu: « Trạng Quỳnh tuy tánh hay cợt lỡm, nhưng có công với nước nhà, nếu giết Quỳnh đi thì lấy ai để gánh vác việc ngoại giao với triều đình nhà Thanh, chi bằng hãy cứ cách chức cho về vườn là hơn, để hắn chừa bỏ tánh nết đi ».

Chúa cho lời ấy là phải, nhưng trong các quan vì nhiều kẻ ghét Quỳnh nên họ xúm nhau đổ dầu thêm cho chúa; kẻ thì tâu: « Thiên hạ nhân thiên hạ tài, phải nghĩ đến thanh danh Chúa và triều đình trước đã ».

Kẻ thì tâu: « Cho Quỳnh về vườn là cả một hậu họa, lỡ Quỳnh theo bọn kẻ dấy loạn thì sao? »

Thế là chúa lại trở lại việc phải thanh toán Quỳnh và cuối cùng đi đến quyết định phải kết thúc đời Quỳnh bằng thuốc độc cho bớt tai tiếng với dư luận trong ngoài.

Quyết định rồi, trước khi thi hành, Chúa cho triệu Quỳnh vào, hỏi thăm mấy câu cho có chuyện, rồi hỏi: « Như nhà người học quán cổ kim, thượng thông thiên văn, hạ đạt địa lý, không sách gì không đọc, không việc gì không biết, vậy ta hỏi nhà người bao giờ chết? »

Trạng Quỳnh tâu: « Chừng nào chúa chết thì trạng chết ».

Sau lần tiếp chuyện này, Quỳnh về nhà nghĩ chúa thế nào cũng hại mình nên gọi vợ con căn dặn bảo: « Nay mai ta chết, nhưng ta chết rồi thì toàn gia phải nhớ lời dặn là không được cử ai hay phát tang, cứ giữ bình tĩnh như lúc ta còn sống. Phải nhớ để thi hài ta lên võng mắc giữa nhà như ta thường nằm ngủ, để lên tay ta một quyển sách, lấy hai cây kim chống hai mắt ta lên. Hễ khi nào nghe tin chúa chết, hãy khóc lóc làm lễ cử ai, và đưa đám tang ta trước giờ đám ma chúa. Khi chôn ta phải nhớ là chôn sấp chớ không được chôn ngửa như cách chôn của thế nhân thường dùng ».

Quỳnh dặn vợ con ngày hôm trước thì ngày hôm sau, chúa cho một cận thần đem thuốc độc đến bắt Quỳnh phải uống. Quỳnh uống xong, một giờ sau tắt thở. Người nhà nhất nhất làm theo lời đã dặn. Chúa cho người đi dò xét xem cảnh nhà Quỳnh ra thế nào.

Bọn được sai đi về tâu là vẫn thấy Quỳnh nằm trên võng đọc sách như thường, và gia đinh Quỳnh vẫn vui vẻ tự nhiên.

Chúa lấy làm lạ, đòi viên ngự y chế thuốc độc đem chén thuốc vào cho chúa xem thế nào mà lại vô hiệu đối với Quỳnh. Thuốc đem vào, chẳng ngờ là thứ thuốc mạnh, nên chúa vừa đưa qua lỗ mũi, đã hắt hơi, rồi từ từ ngã xuống, cứu không được.

Tin chúa từ trần được chính thức loan ra, gia đình Trạng Quỳnh cử hành tang lễ như lời Quỳnh dặn, thành hôm đám ma chúa cũng là hôm đám ma Quỳnh mà đám ma Quỳnh lại đưa đi trước đám ma chúa.

Vì Quỳnh chết như vậy, nên người đời mới có câu truyền tụng:

Trạng chết chúa cũng thăng hà,

Dưa gang đỏ dít thì cà đỏ trôn.

Ấy Trạng Quỳnh tới phút cuối cùng mà còn thế đó, đủ biết sinh thời là nhân vật thế nào.