ầng lớp thống trị của nhà Thanh trong giai đoạn đầu xây dựng sự nghiệp, đối với những kiến nghị và những chủ trương tốt bao giờ cũng sẵn sàng tiếp nhận. Nhờ vậy mà hoài bão về chính trị của Phạm Văn Trình mới có đất dụng võ, tài năng của ông cũng phát huy được hết mức. Nhưng, đi đôi với sự thống trị ngày càng được củng cố, tập đoàn quyết sách tối cao của nhà Thanh bắt đầu tự phụ, cái gì cũng cho mình là đúng, thậm chí còn thi hành những ngang ngược, hoàn toàn trái hẳn với quốc sách "ổn định bá tánh” do Phạm Văn Trình cực lực đề ra trước đây.

Đối với “lệnh thế phát" (lệnh cạo đầu), thái độ của Phạm Văn Trình cũng khác với người nắm quyết sách mà trong thực tế của triều đình nhà Thanh lúc bấy giờ là Đa Nhĩ Cổn.

Sau khi nhà Thanh tiến vào làm chủ Trung Nguyên, đã yêu cầu các dân tộc phải để tóc và ăn mặc theo kiểu truyền thống của dân tộc Mãn, tức đầu phải cạo phần trước trán, và số tóc còn lại thì đánh thành bím rồi để đằng sau ót. Trong khi đàn ông người Hán tộc, từ bấy lâu nay vẫn để tóc dài và búi thành búi tóc trên đỉnh đầu. Hơn nữa, các sĩ đại phu thường vẫn tôn trọng quan niệm “thân thể phu phát, thụ chi phụ mẫu, bất khả hủy thương" (thân thể da tóc, nhận từ cha mẹ, không thề hủy hoại và làm tổn thương), cho việc cạo tóc là điều tuyệt đối không thể làm được.

Thực ra, kiểu tóc chỉ là vấn đề tập tục trong xã hội, cạo hay không cạo chẳng phải là chuyện to tát chết sống chi. Nếu áp dụng bằng phương thức thích hợp để hấp dẫn mọi người, thì rất có thể khiến mọi người noi theo và dần dần trở thành phổ biến, trở thành thời thượng. Nhưng, nếu lấy đó để làm tiêu chuẩn chính trị, nhất là trong một thời cơ chưa chín mùi, lại đem việc cạo đầu để làm thành tiêu chí phải chăng là chịu thần phục, cưỡng bách chấp hành, thì kết quả sẽ trái ngược lại.

Thật ra, ngay từ lúc Mãn Thanh mới tiến vào quan ải, đã từng xuống lệnh cạo đầu thắt bím, khiến "nhân dân hốt hoảng, bỏ trốn đi nơi khác hàng nghìn, hàng vạn người”. Vì lúc bấy giờ tình hình chưa ổn định, Mãn Thanh chưa đứng vững chân, nên Đa Nhĩ Cổn bất đắc dĩ phải thu hồi mạng lệnh trên. Nhờ đó, mới tránh được một sự xáo trộn to lớn trong xã hội.

Nhưng đến năm thứ hai niên hiệu Thuận Trị (1645), sau khi nhà Thanh đã ở vào thế ổn định được trong cả nước. Đa Nhĩ Cổn lấy làm phấn khởi, cho rằng việc đoạt lấy thiên hạ là việc dễ dàng như trở bàn tay, nên ông ta tha hồ muốn làm gì thì làm. Thêm vào đó, lại có một số quan viên người Hán tộc muốn tỏ ra mình là người trung thành với triều đình Mãn Thanh, như Phùng Thuyên, Tôn Chi Hải và một số người nữa đã chủ động cạo đầu thắt bím, nhằm tích cực hưởng ứng ý đồ của Đa Nhĩ Cổn. Họ hăng hái ủng hộ việc tái ban lệnh cạo đầu thắt bím.

Sở dĩ có một số bộ phận quan viên người Hán nhiệt tình ủng hộ chủ trương “cạo đầu thắt bím" như thế, là có nguyên nhân. Nghe đâu, sau khi nhà Thanh tiến vào quan ải, lúc hoàng đế lâm triều, các đại thần người Mãn và các đại thần người Hán đầu hàng, chia thành hai toán riêng biệt đứng ở dưới cung điện. Có một đại thần triều nhà Minh đầu hàng Mãn Thanh là Tôn Chi Hải, xuất thân tiến sĩ, muốn lấy lòng chúa mới người Mãn tộc, nên chủ động cạo đầu thắt bím, ăn mặc áo hẹp tay, cũng giống như người Mãn, rồi đứng chen vào đội ngũ của các đại thần người Mãn.

Nhưng, các đại thần người Mãn đã đuổi ông ta ra. Ông ta đành phải trở lại đội ngũ của các hàng thần người Hán. Nhưng số hàng thần người Hán này cũng không cho ông ta đứng chung. Ông ta quá thẹn, nên mới dâng sớ tâu: “Tâu bệ hạ... nay vạn sự đều đổi mới, thế mà áo mão và cách để tóc thì vẫn giữ theo nếp cũ của người Hán. Như vậy có nghĩa là bệ hạ đã bị người Hán khuất phục, chứ không phải bệ hạ khuất phục được người Hán”.

Do vậy, triều đình nhà Thanh mới quyết định ban bố lệnh cạo đầu. Khi tin tức truyền ra, cả triều đình xôn xao. Ngự sử đại phu Tôn Khai Tâm chỉ trích Phùng Thuyên và Tôn Chi Hải, cũng như một số người Hán khác tán thành việc cạo đầu tóc bím là "bọn người tham địa vị và muốn được sự sủng tín". Ban hành việc cạo đầu chỉ làm "trở ngại cho việc quy thuận của người Hán". Nhưng, Đa Nhĩ Cổn hoàn toàn không để ý chi tới lời phản đối của một số đại thần người Hán, mà vẫn ngang nhiên xuống lệnh:

- Nếu ai còn chuyện này mà viết bản tấu chương tâu lên vua, nhằm giữ nguyên chế độ của nhà Minh trong nhân dân địa phương, không chịu tuân theo chế độ của bản triều, thì sẽ bị chém không tha!

Sau khi lệnh cạo đầu được ban ra, mâu thuẫn dân tộc liền trở nên gay gắt, thậm chí, nó phát triển đến mức: “Thà giữ tóc chứ không giữ đầu, thà giữ đầu chứ không giữ tóc". Tình hình căng thẳng ngoài sự tiên liệu của mọi người. Cả vùng Giang Nam vốn đã được ổn định, lúc bấy giờ lại "nhân tâm chao đảo” xáo trộn khắp nơi. Mọi người nhao nhao đứng lên phản đối thà "thiệt thân hoặc tan nhà nát cửa, hủy diệt cả nơi thờ phượng tổ tông, rơi đầu chứ không thèm sợ". Tầng lớp thống trị của Mãn Thanh cũng trở lại lề thói cũ, khôi phục lại tính tàn nhẫn của chủ nô đối với nô lệ, có những hành động vô cùng hung ác, đàn áp đẫm máu, giết người, cướp của, đốt nhà, không gì mà họ không làm. Phạm Văn Trình nhìn thấy cục diện "an cư lạc nghiệp" do mình đã bỏ ra công sức của nửa đời người để tạo dựng nên cho bá tánh, nay đã trở thành ảo ảnh, trong lòng hết sức đau đớn, hết sức bất bình.

Lệnh cạo dầu thắt bím chẳng những gây ra làn sóng phản đối mãnh liệt trong bá tánh, mà còn làm chậm trễ tiến trinh thống nhất thiên hạ của triều đình Mãn Thanh. Do vậy, có một số quan ngự sử dũng cảm dâng sớ liên tiếp lên nhà vua, tố cáo những quan chức có tương quan mật thiết đến lệnh cạo đầu thắt bím. Nhưng Đa Nhĩ Cổn là người có quyền lực áp đảo hẳn nhà vua còn trẻ tuổi. Do vậy, ai thuận theo ông ta thì tồn tại, ai chống ông ta thì bị trừ khử. Một số người phản đối lệnh cạo đầu thắt bím đã lần lượt bị truất phế. Còn những người ủng hộ lệnh này thì chẳng những không bị bãi quan, mà ngày càng được trọng dụng. Như Phùng Thuyên sau đã được ban đặc ân “có quyền cưới hỏi với người Mãn Châu”, và dần dần đã thay thế địa vị đứng đầu nội các của Phạm Văn Trình.

Tất cả những hành động của Đa Nhĩ Cổn đều trái ngược với hoài bão chính trị cửa Phạm Văn Trình. Do vậy, Phạm Văn Trình đã áp dụng một thái độ bất hợp tác với Đa Nhĩ Cổn, chống lại ông ta bằng hành động tiêu cực.

Tháng hai năm Thuận Trị thứ ba (1646), Đa Nhĩ Cổn lệnh cho các Đại Học Sĩ phải "viết bản trình tấu rõ ràng khi có việc cần tâu”. Nhưng Phạm Văn Trình lấy cớ “phàm có điều gì nghe thấy thì gặp mặt trình tấu bằng miệng, chứ không cần viết văn bản” để thối thoát lệnh trên. Đa Nhĩ Cổn đối với việc Phạm Văn Trình không làm theo ý kiến của mình, cảm thấy rất bất mãn nên lấy cớ "người thường có bệnh, lại làm việc quá mệt nhọc, vậy nên sớm nghỉ hưu tốt hơn", để tước đoạt quyền lực của Phạm Văn Trình. Mấy tháng sau, quan tuần phủ Cam Túc là Huỳnh Đồ An dâng sớ xin từ quan để trở về phụng dưỡng cha mẹ. Bộ chủ quản cho rằng đây là "mượn cớ để trốn tránh trách nhiệm, vậy phải cách chức”. Phạm Văn Trình không đồng ý, đem việc này báo cho Vương Tế Nhĩ Cáp Lang là một vị phụ chính khác, và có lời xin:

- Phụng dưỡng cha mẹ là cảm tình cao quý nhất, vậy không nên cách chức.

Đa Nhĩ Cổn thấy Phạm Văn Trình không bẩm báo chuyện này với mình, mà lại đi thỉnh thị với Tế Nhĩ Cáp Lang, nên giận dữ. Lấy cớ “tự ý có quan hệ" với phụ chính vương Tế Nhĩ Cáp Lang, bắt Phạm Văn Trình đưa sang pháp ty vấn tội. Nhưng chỉ mấy hôm sau thì thả ra.

Năm thứ năm niên hiệu Thuận Trị (648), Đa Nhĩ Cổn thắng thế trong cuộc đấu tranh nội bộ của vương thất nhà Thanh, nên đã mượn cớ xóa bỏ tước vị Thân vương của Tế Nhĩ Cáp Lang, khiến từ trước tới nay có hai vị thân vương phụ chính, thì nay chỉ có một mình Đa Nhĩ Cổn ôm hết đại quyền trong tay. Xuất phát từ mục đích không thể nói với ai, Đa Nhĩ Cổn ra lệnh cho Đại học sĩ Cương Lâm sửa đổi "Thanh Thái Tổ Thực Lục” và bảo Phạm Văn Trình phải tham gia công việc này. Phạm Văn Trình biết đây là chuyện hệ trọng, không thể làm liều, nhưng lại không thể cãi lệnh, nên ông mượn cớ dưỡng bệnh, đóng cửa không ra khỏi nhà. Tháng mười hai năm Thuận Trị thứ bày (1650), Đa Nhĩ Cổn bệnh chết. Đầu năm sau hoàng đế Thuận Trị thứ (Phúc Lâm) bắt đầu đích thân điều hành việc triều chính. Các đại thần bèn tố cáo Đa Nhĩ Cổn lúc sinh tiền đã “chuyên quyền", "tiếm vị", lại bảo Hoàng Thái Cực theo thứ tự thì đáng lý không thể lên ngôi vua, tức việc lên ngôi vua của Hoàng Thái Cực là không hợp lẽ. Vua Thuận Trị sau khi cho điều tra nắm rõ sự thật, đã tước bỏ tôn hiệu của mẹ và vợ Hoàng Thái Cực, và phế bỏ việc thờ ông trong tôn miếu, tịch thu cả tài sản, giết hết bọn vây cánh. Cương Lâm và những người có dính líu đến chuyện sửa đổi “Thanh Thái Tổ Thực Lục" đều bị xử tử. Đáng lý Phạm Văn Trình cũng bị liên lụy, nhưng do ông không phải đồng đảng của họ và hầu như không có tham gia thực sự vào việc sửa đổi trên, nên đã được xử nhẹ là cách chức. Nhưng chỉ ít lâu sau thì được phục chức trở lại.

Phạm Văn Trình do biết giữ vững lập trường chính trị của minh, không tham dự vào bè phái riêng của Đa Nhĩ Cổn một cách liều lĩnh, nhất là trong việc sửa đổi “Thanh Thái Tổ Thực Iục" chứng tỏ ông có tầm nhìn xa rộng, đóng cửa giả bệnh không làm việc nên mới thoát khỏi tai vạ.