hạm Ngọc Thảo sinh ra trong một gia đình giàu có nhất nhì vùng đồng bằng sông Cửu Long. Cha anh, ông Adrian Phạm Ngọc Thuần học tại Pháp, đậu kỹ sư đo đạc. Hầu hết các con ông, dù gái hay trai đều được đưa sang Pháp học thành tài mới về nước.

Phạm Ngọc Thảo không được sang Pháp học như các anh, các chị mình. Vì khi anh đủ tuổi đi học thì Chiến tranh thế giới thứ hai bùng nổ, việc đi lại giữa các nước rất khó khăn, lúc đó chỉ có một phương tiện duy nhất là tàu thủy. Cả gia đình Phạm Ngọc Thảo đều là dân Tây, có đủ quyền lợi như một người Pháp thực thụ. Nhưng khi Phạm Ngọc Thảo vừa tốt nghiệp kỹ sư Công chánh ở Hà Nội về thì cuộc kháng chiến chống Pháp ở Nam Bộ nổ ra. Anh rất phẫn uất, gửi một bức điện cho Tổng thống Pháp lúc đó là De Gaulle, lên án cuộc xâm lược của Pháp và tuyên bố hủy bỏ quốc tịch Pháp của mình, vì cho rằng mang quốc tịch của kẻ xâm lược là ô nhục. Anh xin phép và chia tay với cha mẹ, hai người em gái, ra chiến khu.

Nhưng, vì nóng lòng đi tìm Cách mạng, tới bến phà Mỹ Thuận, Phạm Ngọc Thảo lân la ở mấy hàng quán, hỏi thăm cơ quan của Cách mạng. Hành vi của Phạm Ngọc Thảo không thoát khỏi con mắt của anh em dân quân du kích địa phương. Chờ cho sẩm tối, hai anh thanh niên lực lưỡng bèn bắt giữ Phạm Ngọc Thảo giải đi. Họ xét trong người thấy Phạm Ngọc Thảo có một cây súng sáu do anh mới tìm được trước khi ra chiến khu, mép áo sơ mi lại có hai sọc kẻ xanh đỏ, giống như cờ Pháp. Vậy là họ quyết đoán: Đúng đây là do thám của Pháp...

Những người du kích bến phà Bắc Mỹ Thuận đã chờ tới khuya, khi con nước ròng, trói chân tay anh lại, đưa lên một chiếc xuồng nhỏ, ra giữa dòng, choàng thêm một cục đá lớn vô cổ, đẩy anh xuống sông...

Vốn là một người thông minh, dũng cảm và có sức khỏe, Phạm Ngọc Thảo bình tĩnh quan sát mọi động thái chung quanh mình. Khi bị đẩy xuống sông, anh nín thở, lộn đầu xuống trước để cho hòn đá choàng trên cổ rơi ra, lặn một hơi dài nương theo dòng nước rồi mới ngoi lên hít thở. Trời tối như bưng, chân tay bị trói, rất khó xoay trở, anh đành phải trườn mình theo dòng nước đang chảy xiết. Tới lúc hai chân đụng phải một chiếc thuyền chìm, anh lặn xuống tìm hiểu con thuyền xem có thể lợi dụng được không. May sao, sau nhiều lần trồi lên, lặn xuống, Phạm Ngọc Thảo đụng được vào một cây sắt, nẹp mui, cứa đứt sợi dây trói tay... Vậy là thoát nạn. Chờ tới sáng, anh giả đò như một người nông dân đi đánh dậm theo mép nước. Cuối cùng anh gặp mấy người bạn cũ cùng hoạt động trong phong trào Thanh niên Tiền phong, những ngày Cách mạng tháng Tám thành công. Mấy ngày sau, anh ruột Phạm Ngọc Thuần đang làm Phó Chủ tịch Uỷ ban kháng chiến hành chính cho người tới đón Phạm Ngọc Thảo về làm việc ở Văn phòng ủy ban kháng chiến hành chính Nam Bộ. Từ đây anh được cử ra miền Bắc học khóa đầu tiên Trường Võ bị Trần Quốc Tuấn, đặt địa điểm tại Sơn Tây.

Sau nửa năm học tập, Phạm Ngọc Thảo nhận chứng chỉ tốt nghiệp và được lệnh trở về Nam Bộ ngay. Nhưng Phạm Ngọc Thảo chỉ mới tới Phú Yên thì tắc đường. Lúc này Trung ương cử nhiều đoàn cán bộ tăng cường cho miền Nam đang kháng chiến. Trong số các đoàn này có đồng chí Lê Duẩn. Đồng chí Lê Duẩn yêu cầu được đi riêng và cần giữ hoàn toàn bí mật. Bộ Tư lệnh Quân khu 6 trao nhiệm vụ cho Phạm Ngọc Thảo đưa đồng chí Lê Duẩn về Nam Bộ.

Khi Xứ ủy Nam Bộ tổ chức Ban quân sự để giúp Xứ ủy về các vấn đề quân sự, Phạm Ngọc Thảo dù là dân Tây, dù là gia đình địa chủ vẫn được đề bạt làm Trưởng phòng Mật vụ. Đây là tổ chức tình báo đầu tiên của Cách mạng Việt Nam ở Nam Bộ.

Phạm Ngọc Thảo đã mở được nhiều khóa huấn luyện cán bộ tình báo cho các tỉnh, lập nên một hệ thống tình báo của các tỉnh phía Nam, sau này đã giúp việc đắc lực cho các quân khu nắm tình hình địch và làm công tác địch vận rất có kết quả.

Khi tướng Nguyễn Bình được cử làm Tư lệnh Nam Bộ, Ban quân sự Xứ ủy Nam Bộ giải thể và phân bố lại các Quân khu 7, Quân khu 8, Quân khu 9, Phạm Ngọc Thảo được phân công về Quân khu 9, là Tiểu đoàn trưởng Tiểu đoàn 410.

Đại tá Tăng Thiện Kim, nguyên Chính trị viên phó kiêm Phó bí thư Tiểu đoàn 410, người đã kết nạp Phạm Ngọc Thảo vào Đảng, tại Rạch Bà Đăng, Thới Bình, rất quý mến Phạm Ngọc Thảo, cho biết, Phạm Ngọc Thảo là người rất ham học các kỹ thuật chiến thuật trong chiến đấu cũng như các vấn đề chiến lược của cuộc kháng chiến. Anh còn ham mày mò, chế tạo ra chiếc cò nẩy cho súng cối. Có cái cò này, súng cối bắn chính xác hơn trước nhiều. Khi có lệnh cho đơn vị học tập cách đánh đặc công, Phạm Ngọc Thảo đã cùng trinh sát bò vào đồn địch ban đêm để nghiên cứu cách bố phòng của địch và về đơn vị làm sa bàn, trình bày kế hoạch tiến công. Anh đã tham gia nhiều trận đánh, từ những trận đánh tiểu đoàn độc lập tới những trận đánh phối hợp trong chiến dịch. Nhiều trận đã đem lại thắng lợi to lớn...

Vào giữa năm 1953, Phạm Ngọc Thảo được cấp trên triệu tập đi học lớp huấn luyện trung cao của Xứ ủy Nam Bộ. Lớp học bế mạc sau Chiến thắng Điện Biên Phủ và Hội nghị Giơnevơ về Việt Nam. Phạm Ngọc Thảo đã được gọi ra Việt Bắc và đích thân đồng chí Lê Duẩn trao nhiệm vụ vào hoạt động ngay trong lòng địch. Nghĩa là Phạm Ngọc Thảo cần tìm mọi cách chui được vào chính quyền ngụy, cố gắng lọt được vào gia đình Ngô Đình Diệm... Anh có lợi thế là gia đình Thiên Chúa giáo lâu đời, thân thiết với linh mục Ngô Đình Thục đã từng cai quản giáo xứ Vĩnh Long là quê quán của Phạm Ngọc Thảo. Chính linh mục Ngô Đình Thục đã làm lễ rửa tội cho Phạm Ngọc Thảo và cũng yêu mến anh như con nuôi của mình... Phạm Ngọc Thảo công khai mọi công tác, hành động của mình khi đi kháng chiến chống Pháp, chỉ trừ việc là đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam. Là người Việt Nam yêu nước, nay trở về với tất cả niềm tự hào đã góp phần chiến thắng thực dân Pháp, hợp tác với chính quyền mới của Ngô Đình Diệm thường tuyên bố bài phong đả thực, hoan nghênh những người kháng chiến cũ cộng tác với chính nghĩa quốc gia...

Phạm Ngọc Thảo không có trách nhiệm báo cáo chuyện gì với ai... Thảo không phải là một cán bộ tình báo thông thường, cũng không phải là một điệp báo. Khi có việc cần thiết, Phạm Ngọc Thảo có quyền trao đổi với một cán bộ nào đó mà anh thấy thực sự tin cậy. Như vậy, Phạm Ngọc Thảo sẽ không quan hệ với ai là bạn bè kháng chiến cũ, kể cả những người lãnh đạo, đề phòng đầu hàng... Tuy vậy, Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu chưa tin cậy ngay. Họ còn cần thời gian để thử thách. Mới đầu Phạm Ngọc Thảo là Tỉnh đoàn trưởng Bảo an Vĩnh Long. Sau đó anh được cử làm thanh tra Bảo an đoàn, rồi tuyên huấn đảng Cần lao Nhân vị của anh em Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu. Đó chỉ là những chức hữu danh vô thực.

Phạm Ngọc Thảo tự xuất hiện bằng cách viết báo. Cộng tác với tạp chí Bách khoa, chỉ trong hơn một năm, Phạm Ngọc Thảo đã viết hơn 20 bài báo trình bày rõ quan điểm của mình là phải yêu nước, thương dân. Anh đã đề cập đến nhiều vấn đề chiến lược, chiến thuật trong cầm quân và chỉ huy chiến sĩ. Anh còn phân tích cả chiến sách của Tôn Tử trong sách lược dùng quân và bình thiên hạ. Những bài viết đầy nhiệt tình cách mạng và tính nhân văn của Phạm Ngọc Thảo được độc giả và trí thức rất hoan nghênh. Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Thục đã nghiên cứu kỹ những bài viết của Phạm Ngọc Thảo: Giọng điệu thì như Cộng sản, nhưng chính nghĩa quốc gia của họ cũng đâu có thể nào nói lời ngược lại. Cuối cùng, anh em Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu đành khâm phục Phạm Ngọc Thảo là một trí thức uyên bác. Bởi chung quanh họ chỉ có đám võ biền, thô bạo, tham nhũng, còn Phạm Ngọc Thảo xuất hiện như một ngôi sao sáng chói. Ngô Đình Diệm đã đích thân phong tặng Phạm Ngọc Thảo cấp bậc Trung tá và cử làm tỉnh trưởng Bến Tre. Trước khi nhận nhiệm vụ mới, anh đề nghị trực tiếp với Ngô Đình Diệm ba yêu cầu: Một, ổn định tình hình tỉnh Bến Tre không phải bằng bạo lực mà chính trị. Vì anh không thể hành động như những quân nhân võ biền khác. Mục đích của anh là không phải đàn áp phong trào đấu tranh của Bến Tre đang lên cao độ. Hai, nếu bắt được Việt Cộng, có đủ bằng chứng, cho lập phiên tòa xét xử. Với yêu cầu này, Phạm Ngọc Thảo sẽ có cớ để trừng trị bọn đầu hàng, bọn chỉ điểm. Ba, Tỉnh trưởng Bến Tre được đặc cách chỉ báo cáo với Tổng thống, không qua một ban, bộ nào. Như vậy, Phạm Ngọc Thảo sẽ tránh được những kẻ gièm pha, ton hót...

Ngô Đình Diệm đã chấp thuận cả ba yêu cầu của Phạm Ngọc Thảo. Khi nhận chức tỉnh trưởng, việc đầu tiên của anh là ký quyết định thả 2.000 tù nhân đang bị giam giữ... và lập tòa án trừng trị bọn phản bội, đầu hàng. Nhiều phản ứng của phía chính quyền và quân đội ngụy đều được Phạm Ngọc Thảo bác bỏ bằng luận thuyết rằng, Ngô Đình Diệm đang thí nghiệm một luận thuyết mới: Luận thuyết thân dân, phải có thì giờ kiểm nghiệm. Nhưng chẳng bao lâu sau, ngay trong các tầng lớp dân chúng Bến Tre cũng xì xào rằng: Hình như Phạm Ngọc Thảo là... một Việt Cộng nằm vùng.

Do chính sách của Phạm Ngọc Thảo không cho phép quân lính thuộc quyền đàn áp dân chúng, điều đó đã góp phần cho các cuộc nổi dậy của nhân dân Bến Tre đạt được thắng lợi. Đó chính là phong trào đồng khởi của đội quân tóc dài mà lịch sử sau này mãi mãi ghi công.

Chức tỉnh trưởng Bến Tre của Phạm Ngọc Thảo bị thay thế, nhưng Ngô Đình Diệm chỉ cho rằng anh còn non nớt, chưa có kinh nghiệm cai trị nên cho anh ra nước ngoài học tập một thời gian, khi trở về chuyển làm phát ngôn viên Chính phủ vì anh có trình độ học thức cao... Trong giới tướng lĩnh ngụy, Phạm Ngọc Thảo rất có uy tín vì anh thông minh, giao du rộng, hào phóng, có tài ăn nói... tất cả các tướng lĩnh của chính quyền ngụy đều khâm phục và muốn lôi kéo về mình. Thậm chí, bác sĩ Trần Kim Tuyến, Giám đốc Cơ quan nghiên cứu chính trị (một tổ chức tình báo của chính quyền ngụy), Tướng Đỗ Mậu phụ trách an ninh quân đội ngụy... cũng bị Phạm Ngọc Thảo thuyết phục.

Trước cuộc đảo chính Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu ngày 1-11-1963, Phạm Ngọc Thảo bàn với Dương Văn Minh, nhưng Minh quá nhát, không dám hưởng ứng. Tiếp đó Phạm Ngọc Thảo bàn với Trần Thiện Khiêm. Quả nhiên cuộc đảo chính thắng lợi. Tuy vậy, Dương Văn Minh cũng được cử đứng đầu Hội đồng quân nhân cách mạng... Tất cả các tướng lĩnh tham gia cuộc đảo chính đều được lên chức, lên lon. Phạm Ngọc Thảo vì chưa qua lớp cao cấp nên không được đề bạt.

Đại sứ Mỹ rất biết việc này, muốn nắm Phạm Ngọc Thảo về sau, liền đề nghị với chính quyền ngụy đưa Phạm Ngọc Thảo sang Mỹ học trường võ bị cao cấp cùng với đề nghị đưa chị Phạm Thị Nhiệm sang Mỹ làm giáo sư dạy tiếng Việt cho những lớp sĩ quan Mỹ trước khi được đưa qua Việt Nam. Trong khi Phạm Ngọc Thảo đi Mỹ học thì ở trong nước, Nguyễn Khánh làm đảo chính Dương Văn Minh lên nắm chính quyền. Nhưng Nguyễn Khánh chỉ là một tên võ biền, không có chủ trương chính sách gì khả dĩ ổn định được tình hình rối loạn khắp nơi cũng như không dám đương đầu với đám tướng lĩnh, chỉ huy các đơn vị tham nhũng, buôn lậu. Nhiều cuộc biểu tình của dân chúng và học sinh, sinh viên đòi Nguyễn Khánh ra đối chất, Nguyễn Khánh ú ớ không trả lời được. Vì vậy khi Phạm Ngọc Thảo tốt nghiệp Học viện cao cấp quân sự ở Hoa Kỳ về, liền được Nguyễn Khánh phong ngay quân hàm đại tá và cử làm phát ngôn viên Chính phủ.

Có Phạm Ngọc Thảo, công việc bàn thảo và những kế hoạch đảo chính lại được tiếp tục. Trần Thiện Khiêm muốn đảo chính Nguyễn Khánh bằng kế hoạch bắt cóc trong một bữa tiệc gia đình nhưng không thành, lập tức Trần Thiện Khiêm đi làm đại sứ ở Mỹ đã yêu cầu có Phạm Ngọc Thảo đi theo để phụ trách nhiệm vụ tùy viên quân sự và báo chí. Nguyễn Khánh chấp thuận.

Làm Tùy viên quân sự và báo chí bên cạnh Trần Thiện Khiêm, chỉ một thời gian ngắn Phạm Ngọc Thảo đã nắm được kế hoạch của Lầu năm góc đang chuẩn bị đưa quân viễn chinh Mỹ vào miền Nam Việt Nam. Nhiều khu căn cứ bí mật đã được thành lập để huấn luyện cho quân đội Mỹ quen thuộc với địa hình đầm lầy và rừng rậm Việt Nam. Đế quốc Mỹ đang chờ thời cơ để có thể ký được với chính phủ bù nhìn nào đó ở Việt Nam một hiệp định cho Mỹ có quyền đưa quân đội viễn chinh vào chiếm đóng ở miền Nam Việt Nam.

Nguyễn Khánh muốn cắt bớt vây cánh của Trần Thiện Khiêm đề phòng nguy hiểm về sau, liền lệnh cho Bộ Ngoại giao Sài Gòn triệu hồi Phạm Ngọc Thảo về nước và phải trình diện trước ngày 18-2-1965. Biết rõ âm mưu của Nguyễn Khánh, Phạm Ngọc Thảo đã bàn với Trần Thiện Khiêm về việc cần làm cuộc đảo chính Nguyễn Khánh ngay. Lần này sẽ do chính Phạm Ngọc Thảo đứng ra chỉ huy. Cuộc đảo chính được hoạch định với những mục tiêu quan trọng như các cơ quan chính quyền, đài phát thanh, dinh thự của Nguyễn Khánh... phải giải quyết xong vào lúc 13 giờ ngày 19-2-1965.

Đúng như kế hoạch, Phạm Ngọc Thảo đã chiếm được trụ sở làm việc của Nguyễn Khánh, cho xe tăng trở mũi về Đài Phát thanh thì bất ngờ một số nhà báo trông thấy Phạm Ngọc Thảo ngồi trên nóc một chiếc xe tăng chạy ngang qua công trường Mê Linh. Họ xúm tới phỏng vấn. Là phát ngôn viên Chính phủ, Phạm Ngọc Thảo quen biết rất nhiều nhà báo nên không nỡ từ chối một ai, đành phải trả lời và để họ quay phim, chụp ảnh. Anh tới Đài Phát thanh trễ mất nửa giờ. Nhiệm vụ bắt Nguyễn Khánh được trao cho Trung tá Lê Hoàng Thao, nhưng không may đơn vị bị lạc đường, phải có người đi tìm dẫn đường tới nơi. Cũng trễ nửa giờ. Nguyễn Khánh đã ăn trưa xong và về nghỉ tại biệt thự riêng cũng trong Bộ Tổng tham mưu và thấy có đơn vị đảo chính đang xông vào liền lẻn qua một cổng riêng chạy qua sân bay quân sự. Y gặp Nguyễn Cao Kỳ ở đây. Hai người chui hàng rào chạy thoát thân tới sân bay Biên Hòa. Nguyễn Cao Kỳ là Tư lệnh không quân của chính quyền Sài Gòn, cho một máy bay nhỏ đưa Nguyễn Khánh chạy ra Vũng Tàu. Nguyễn Cao Kỳ cũng lên một máy bay khác trốn khỏi sân bay Biên Hòa. Y cho máy bay lượn trên vùng trời sân bay Tân Sơn Nhất dùng loa gọi xuống lệnh cho quân đảo chính rời khỏi Tân Sơn Nhất, nếu không y sẽ cho thả bom sân bay Tân Sơn Nhất. Lúc này ở sân bay Tân Sơn Nhất đang có một số đơn vị Mỹ đóng trong một khu doanh trại. Đại sứ Mỹ nghe được tuyên bố của Nguyễn Cao Kỳ liền phái tướng Rowland chạy tới Dinh Độc Lập gặp Phạm Ngọc Thảo đang họp báo ở đó. Phạm Ngọc Thảo đồng ý lên trực thăng riêng của Đại sứ Mỹ cùng Tướng Lâm Văn Phát lên Biên Hòa gặp Nguyễn Cao Kỳ. Hai bên thương lượng. Nguyễn Cao Kỳ chấp thuận loại Nguyễn Khánh ra khỏi Hội đồng quân nhân mà hiện nay y làm chủ tịch đổi lấy việc quân đảo chính rút khỏi sân bay Tân Sơn Nhất. Như vậy là cuộc đảo chính không đạt được mục tiêu. Vào 20 giờ cùng ngày các tướng lĩnh đảo chính họp và đồng ý giải tán để chờ cơ hội khác sẽ lại cùng nhau hợp tác.

Làm lại từ đầu, lần này Phạm Ngọc Thảo thận trọng hơn trong việc lựa chọn đơn vị tham gia. Đối với những người chỉ huy, anh sinh hoạt kỹ càng hơn về kế hoạch hành quân cũng như những biện pháp phải đối phó. Anh xuất bản một tờ báo lấy tên là Việt Tiến tuyên truyền về tinh thần yêu nước của nhân dân Việt Nam quyết đánh đuổi bọn xâm lược và tay sai, tinh thần dũng cảm của người lính khi lâm trận, phân tích những thiếu sót về cuộc đảo chính vừa qua và những biện pháp cần khắc phục. Báo Việt Tiến phát hành tới từng tiểu đội sẽ tham gia đảo chính lần thứ hai và được đông đảo nhân dân ủng hộ...

Lúc này Nguyễn Khánh đã bị phế truất, Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ cầm đầu chính phủ mới mà họ gọi là "ủy ban hành pháp trung ương". Cả Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ đều sợ Phạm Ngọc Thảo. Cao Kỳ ngấm ngầm cho bọn an ninh quân đội đi khắp nơi dò la tin tức của Phạm Ngọc Thảo.

Cũng cùng thời gian này, Đại sứ quán Mỹ tìm cách liên lạc với Phạm Ngọc Thảo hứa sẽ đưa anh ra nước ngoài nếu anh chấp nhận không trở về Việt Nam nữa. Đại sứ quán Campuchia cũng chuyển lời của Sihanouk mời Phạm Ngọc Thảo qua Campuchia tị nạn. Với cả hai nơi, anh đều có lời cám ơn và nói rằng: Nếu có chết cũng xin chết trên đất nước Việt Nam.

Quả thật Phạm Ngọc Thảo có một vòng rào bảo vệ rất rộng lớn và vững chắc ở các xứ đạo từ Biên Hòa tới Hố Nai, Thủ Đức, Sài Gòn. Nhiều linh mục cộng tác với anh đủ mọi công việc, từ việc in ấn, phát hành tờ "Việt Tiến". Nhiều linh mục đã tham gia viết bài cho tờ báo. Nhiều thương gia, trí thức yêu nước sẵn sàng giao cả nhà của mình cho lực lượng đảo chính sử dụng hội họp. Bên cạnh Phạm Ngọc Thảo bao giờ cũng có linh mục Nguyễn Quang Lãm và một người trợ lý, Phạm Ngọc Thảo liên lạc với các đầu mối, vạch chương trình làm việc hàng ngày, những người cần tiếp xúc, bố trí những địa điểm cần thay đổi để giữ bí mật.

Bữa ấy linh mục Nguyễn Quang Lãm sắp xếp cho Phạm Ngọc Thảo tiếp một người khách ở nhà dòng Phước Sơn. Cuộc tiếp xúc xong thì đáng ra Phạm Ngọc Thảo rời địa điểm. Nhưng còn có nhiều việc phải làm nên nấn ná qua bữa sau. Sáng hôm sau, ngày 16-7-1965, hai chiếc xe Citroen chạy thẳng vào nhà dòng Phước Sơn, đậu ngay trước cửa phòng Phạm Ngọc Thảo. Một toán người mặc đồ đen tung cửa vào khi anh đang ngồi bên bàn trước ly cà phê để tính toán công việc. Phạm Ngọc Thảo chưa kịp phản ứng đối phó thì họ đã xông tới ôm chặt Phạm Ngọc Thảo, xốc nách lôi ra xe. Sự việc xảy ra nhanh quá khiến người trợ lý của anh không kịp trở tay. Chúng đưa anh tới rừng cao su Phước Tân thuộc họ đạo Tân Mai. Chúng dừng xe, bịt mắt anh và dẫn đi một đoạn đường. Biết mình bị nguy hiểm, anh chuẩn bị đối phó, dù chúng nắm hai tay anh thật chặt. Có tiếng lên đạn, Phạm Ngọc Thảo vốn có sức khỏe, vùng vẫy muốn thoát ra. Chúng sợ anh vuột mất liền nhắm đầu anh nổ súng. Phạm Ngọc Thảo ngã vật ra. Ngay lúc đó những người công nhân đi cạo mủ buổi sáng, nghe tiếng súng vội ù chạy. Chúng sợ bị lộ liền quay xe chạy mất...

Phạm Ngọc Thảo nằm bất tỉnh một lúc lâu... Anh giơ tay mở khăn bịt mặt... ở xa xa có mấy người mon men tới gần, có người còn sợ. Phạm Ngọc Thảo giơ tay vẫy gọi. Họ vẫn rón rén, một hai người bước tới, sau dần dần đông... Phát súng trúng hàm dưới trổ ra phía trước, gãy mất mấy cái răng. Máu ra rất nhiều, ướt đẫm chiếc áo linh mục anh mặc trên người. Mọi người nâng Phạm Ngọc Thảo dậy, nghĩ đây là một linh mục bị bắt cóc và bị ám sát nên tạm đưa anh về trại định cư Tam Hiệp. Máu từ vết thương vẫn ra đầy miệng, anh ra hiệu mượn giấy bút, viết mấy chữ cho cha xứ dòng Đa Minh. Cha xứ dòng Đa Minh là linh mục Cường, biết tin linh mục Jacobert lâm nạn liền tập tức tới nơi. Cha Cường làm lễ rửa tội, mọi người biết ý lui ra. Thảo yêu cầu linh mục đưa anh đi ngay khỏi chốn này, vì bọn an ninh quân đội thế nào cũng sẽ quay lại. Cha Cường mướn một chiếc xe lam đưa anh về xứ đạo Đa Minh nhờ các bà sơ thay quần áo và băng bó vết thương. Nhưng, bọn cảnh sát quốc gia và an ninh quân đội cũng tìm ra nơi anh nằm và chúng đã tới bắt anh... Từ Biên Hòa, chúng dùng trực thăng đưa anh về Sài Gòn. Tại Tân Sơn Nhất có Nguyễn Ngọc Loan, Tổng giám đốc Cảnh sát quốc gia và nhiều tên sĩ quan an ninh quân đội đón anh. Anh Thảo vẫn một mình từ trực thăng nhảy xuống đất, nghĩa là vết thương ở miệng không làm anh mất sức.

Nguyễn Ngọc Loan chở ngay anh Thảo về an ninh quân đội Sài Gòn. Nơi đây Đại tá Đặng Như Tuyết bị bắt từ hôm đảo chính 20-2-1965 nằm phòng bên cạnh có nghe được phần nào cuộc hỏi cung anh Thảo. Sau này anh Đặng Như Tuyết có kể được một đoạn:

An ninh quân đội hỏi anh Thảo:

- Nếu Đại tá được tự do trở lại thì Đại tá sẽ làm gì?

Anh Thảo trả lời:

- Tôi sẽ tiếp tục sứ mạng của tôi cho tới thành công.

An ninh quân đội lại hỏi:

- Đại tá cho biết những ai giúp Đại tá sống mấy tháng đã qua?

- Đó là những người ơn nghĩa của tôi, giúp tôi trong công việc chung. Tôi không thể cho các anh biết.

Đêm về khuya, ở phòng kế bên, anh Đặng Như Tuyết nghe tiếng đánh đá nhiều lần và sau cùng nghe anh Thảo la thất thanh rồi im lặng luôn. Lúc đó vào khoảng 1, 2 giờ sáng thứ sáu, ngày 17-7-1965.

Hôm sau, báo chí Sài Gòn đăng thông báo của cảnh sát là Đại tá Phạm Ngọc Thảo đã chết vì vết thương ngày hôm trước. Có báo đăng hình anh Thảo nằm chết trên ghế bố. Sự thật, Phạm Ngọc Thảo chết vì Nguyễn Ngọc Loan ra lệnh cho sĩ quan và người của an ninh quân đội đánh đập đến tắt thở.

Năm ấy Phạm Ngọc Thảo 43 tuổi.

Đồng chí Trần Bạch Đằng, nguyên Bí thư Khu 1 Sài Gòn, nói: Khác với các nhà tình báo khác, mà nhiệm vụ chủ yếu của họ là khéo giấu mình, tổ chức thu thập, tuyển chọn các tin tức cần thiết chuyển về trung tâm, Phạm Ngọc Thảo đã đi thẳng vào hàng ngũ kẻ thù, không hề che giấu sự tự hào của mình đã từng cầm quân Cách mạng chống thực dân Pháp và đã trụ vững, tung hoành trong hàng ngũ địch trong một thời gian dài cho đến tận lúc hy sinh. Đó mới thật là đặc biệt, chỉ có riêng ở Phạm Ngọc Thảo...